Большой E2E-набор выполняется 40 минут при каждом MR, даже если изменён только README. Как организовать запуск, чтобы небольшие изменения не запускали весь набор тестов?

Разделите быстрые обязательные проверки и полный E2E, а запуск дорогого набора свяжите с изменениями, которые могут влиять на продукт. Для чистого README можно оставить проверку документации.

В GitLab условия заданий можно описать через rules и изменения файлов. Карта влияния должна учитывать общие библиотеки, зависимости, конфигурацию и сами тесты, а не только директорию функции. Полный набор полезно сохранять на важных ветках или по расписанию, чтобы не пропустить ошибку отбора. При неизвестном влиянии безопаснее запускать шире. Не скрывайте пропущенные проверки под видом успешно выполненных.

Источник: docs.gitlab.com.