Чем отличается docker.io от Docker CE?

docker.io — пакет Docker из репозитория дистрибутива, а docker-ce — пакет Docker Community Edition из репозитория Docker. Они различаются поставщиком сборки, версиями и способом обновления.

Оба варианта предоставляют контейнерный движок, но набор зависимостей и компонентов может отличаться. Пакет дистрибутива следует его циклу сопровождения, официальный репозиторий Docker — собственному. Не стоит устанавливать конфликтующие варианты одновременно или заменять их без проверки работающих контейнеров и данных. Сравнивайте нужные функции, поддерживаемую ОС и план обновления, а не делайте вывод, что один пакет всегда безопаснее или новее.

Источник: docs.docker.com.