Что касается отслеживания маржи на этапе разработки со всякими доработками — как вы это отслеживаете?

Сравнивайте выручку проекта с фактическими затратами и прогнозом оставшихся расходов, включая согласованные доработки.

Каждое изменение оценивайте по влиянию на доход, срок и себестоимость. Маржа без актуального прогноза до завершения может выглядеть хорошей лишь потому, что расходы ещё не понесены.