Что происходит при распределении партиций между тремя потоками и тремя партициями в Kafka?

Если это три consumers одной группы и все подписаны на topic из трёх партиций, обычно каждому назначают одну партицию. Три рабочих потока сами по себе такого назначения не создают.

Kafka распределяет партиции между членами consumer group, а не произвольными потоками приложения. Одна партиция в рамках группы назначена одному consumer в текущем поколении. При входе, выходе или сбое участника возможен rebalance. Дополнительная обработка в thread pool требует самостоятельного контроля порядка и подтверждения offsets. Если consumers принадлежат разным группам, каждая группа читает собственный поток. Поэтому в ответе важно уточнить конфигурацию клиентов и подписок.