Для чего сейчас могли бы применяться JavaScript-прототипы?

Прототипы лежат в основе разделяемых методов объектов и наследования через цепочку [[Prototype]]. Синтаксис class использует тот же механизм для обычных методов.

Метод на прототипе может обслуживать множество экземпляров без отдельной копии в каждом. Также прототипы помогают понимать поиск свойств и создавать объекты с заданным наследованием через Object.create. Изменять встроенные прототипы без необходимости рискованно: это влияет на чужой код и может вызывать конфликты.