Если есть три сервиса, и один из них запущен в двух репликах, сколько экземпляров GIL существует?

Если это четыре отдельных процесса обычного CPython с одним интерпретатором в каждом, будет четыре независимых GIL. Число сервисов или контейнеров само по себе недостаточно для точного ответа.

Один сервис может запускать несколько worker-процессов, и тогда число GIL будет больше. Потоки одного обычного интерпретатора разделяют его GIL. Варианты CPython без GIL и конфигурации субинтерпретаторов требуют отдельной оговорки. Поэтому сначала уточните число процессов и модель запуска, а затем считайте, не связывая блокировку напрямую с Kubernetes-репликой.