Если очередь микрозадач выполняется несколько секунд, что произойдёт с кликом по кнопке, обработчик которого выводит сообщение в консоль? Когда он выполнится?

Обработчик клика на том же main thread будет ждать завершения очереди microtasks, даже если пользователь нажал кнопку раньше.

Microtask checkpoint обрабатывает и новые микрозадачи, добавленные в процессе. Длинная или бесконечно пополняемая очередь задерживает пользовательские задачи и обновление экрана. Для тяжёлой работы нужно уступать event loop задачами или переносить вычисления в Worker.

Источник: html.spec.whatwg.org.