Если хочу поменять имя файла, могу написать просто nano ~/Desktop/commission2.bpmn?

Команда nano ~/Desktop/commission2.bpmn откроет файл commission2.bpmn в текстовом редакторе nano, но не переименует файл.

Чтобы переименовать файл в Unix-подобных системах, используется команда mv:

mv ~/Desktop/oldname.bpmn ~/Desktop/commission2.bpmn

Если файла с новым именем не существует, он будет создан с новым именем, а старый файл удалён (фактически переименован).

Таким образом, для переименования файла нужно использовать mv, а не открывать его в nano.