Есть готовое desktop-only веб-приложение CRM/Service Desk, которое выглядит плохо на мобильных устройствах. Дизайн мобильной версии уже подготовлен и существенно отличается от desktop-версии. Как бы вы организовали адаптацию приложения под мобильные браузеры?

Сначала разделите общую бизнес-логику и представление, затем переносите мобильные пользовательские сценарии поэтапно, а не уменьшайте desktop-экран целиком.

Определите приоритетные маршруты, правила навигации, формы и работу таблиц на узком экране. Общими оставьте API, права, состояние и валидацию; существенно различающиеся layouts можно реализовать отдельными представлениями. Избегайте одновременного монтирования двух тяжёлых версий. Проверяйте клавиатуру, touch, доступность, медленную сеть и откат каждого этапа.