Kafka используется для взаимодействия между сервисами, то есть всё полностью асинхронно?

Использование Kafka не означает, что вся система полностью асинхронна. Брокер может обслуживать события, а часть операций по-прежнему выполняться синхронно через API.

Рассмотрите конкретный сценарий: пользователь получает результат сразу или только подтверждение принятия команды? Какая операция ждёт другую и где хранится промежуточное состояние?

Публикация в Kafka также может ожидать подтверждения брокера; это не тождественно ожиданию завершения бизнес-обработки consumer. Архитектуру описывают по фактическим зависимостям и гарантиям, а не только по наличию технологии.