Как backend узнаёт, что пользователь прочитал сообщение в чате?

Клиент отправляет событие прочтения или последнюю прочитанную позицию, а сервер проверяет пользователя и принадлежность сообщения чату.

Доставку и прочтение нельзя смешивать: получение по WebSocket ещё не означает показ человеку. Сервер монотонно обновляет read cursor и уведомляет других участников; точный критерий видимости и фокуса задаётся продуктом.