Как можно избежать или вынести из тяжёлых этапов рендеринга изменения размеров элементов, попапов и другие обновления интерфейса?

Для движения и появления элементов по возможности используйте transform и opacity вместо изменения геометрии. Чтения layout и записи стилей группируйте, чтобы избежать layout thrashing.

Изменение width/height может требовать layout, поэтому важно ограничивать затронутую область и избегать чередования чтения размеров с записями. Для анимаций можно измерить начальное и конечное положение и анимировать transform. requestAnimationFrame согласует обновление с кадром, но сам по себе не делает тяжёлый расчёт дешёвым; will-change применяют точечно.