Как организовать процесс формирования структуры БД (таблицы, справочники) для нового приложения, как это автоматизировать?

Структуру БД задают версионируемыми миграциями, а справочные данные — управляемыми seed-скриптами или миграциями данных.

Сначала проектируют сущности, связи, ограничения и индексы. Миграции хранят вместе с кодом и применяют в контролируемом шаге поставки. Проверяют развёртывание пустой БД и обновление существующей; для опасных изменений используют совместимые промежуточные этапы и план восстановления, а не ручные правки production.