Как создавались таблицы на кластере и как решали проблему, когда из-за ZooKeeper на одном шарде отсутствовала реплика?

Для кластера ClickHouse нужно согласовать distributed DDL, параметры ReplicatedMergeTree и идентификаторы реплик. Проблему отсутствующей реплики сначала диагностируют, а не удаляют узлы Keeper.

Проверьте результат DDL на каждом узле, очередь distributed DDL, подключение к Keeper/ZooKeeper, макросы shard/replica и путь таблицы. Затем сравните system.replicas, очередь репликации и логи. Причина может быть в недоставленном CREATE, неверном пути или регистрации имени. Восстановление выбирают по фактическому состоянию и наличию данных; произвольная очистка метаданных способна сделать ситуацию хуже.

Источник: clickhouse.com.