Как сравнить исходную ("живую") и целевую таблицы, если источник постоянно изменяется?

Сравнивайте таблицы на общей логической точке времени: согласованный snapshot источника и соответствующую позицию CDC в приёмнике. Сверка двух произвольно прочитанных состояний даст ложные расхождения.

Зафиксируйте watermark или позицию журнала, дождитесь применения изменений до неё и обеспечьте, чтобы сравниваемый снимок не включал более поздние записи. Затем сравните ключи, количество, агрегаты и хеши нормализованных значений по небольшим диапазонам.

Одного фильтра updated_at <= T недостаточно, если старые версии уже перезаписаны или строки удалены. Без снимков/истории точную сверку приходится проводить в согласованное окно или использовать повторную проверку расхождений с учётом допуска задержки.