Как в Python правильно открывать и закрывать файлы с помощью контекстного менеджера?

Открывайте файл через with open(...): контекстный менеджер закроет его при выходе из блока, в том числе при исключении внутри обработки.

with open('input.txt', 'r', encoding='utf-8') as stream:
    for line in stream:
        print(line.rstrip('\n'))

После блока файл закрыт автоматически. Ошибка открытия, например отсутствие файла, всё равно должна быть обработана там, где это требуется приложением. Для больших файлов лучше обход строк, а не безусловное чтение всего содержимого в память.