Как внутри системы общались сервисы: только через Kafka или использовались другие механизмы?

Наличие Kafka не исключает HTTP/gRPC и другие механизмы. Опишите, где нужен немедленный ответ, а где допустима обработка события позже.

Для каждого канала укажите контракт, timeout, повтор и наблюдаемость. Синхронный запрос удобен для некоторых чтений и подтверждений, событие — для независимых реакций и фоновой обработки. Ответ о проекте должен отражать реальные связи, а не общую идею «все микросервисы через Kafka».