Как выполнить глубокое копирование объекта?

Для поддерживаемых значений используйте structuredClone; для объектов с особыми типами и поведением нужен явно определённый алгоритм копирования.

structuredClone умеет копировать циклические ссылки и многие встроенные типы, но не функции и не произвольное поведение экземпляров классов. JSON.parse(JSON.stringify(obj)) теряет часть данных и падает на циклах или BigInt. Выбирайте способ по контракту данных, а не называйте JSON универсальным глубоким клонированием.