Какие переменные можно хранить в values.yaml, а какие необходимо хранить в Vault?

В values.yaml храните несекретную конфигурацию: ресурсы, порты, флаги и адреса без учётных данных.

Пароли, токены и ключи храните в управляемом хранилище секретов, а в конфигурации оставляйте ссылки на них; не коммитьте открытые секреты в Git.