Каким образом исходный код приложения помещается внутри файла APK?

В файл APK помещается скомпилированный исходный код приложения в виде байт-кода Dalvik или ART, упакованный в файл с расширением .dex (Dalvik Executable).

Процесс выглядит так:

1. Исходный код на Java или Kotlin компилируется в байт-код Java (.class файлы).
2. Затем с помощью инструмента dx или d8 байт-код преобразуется в формат .dex.
3. Файл .dex вместе с ресурсами, манифестом и другими необходимыми файлами упаковывается в архив APK.

Таким образом, внутри APK находится файл (или несколько файлов) с расширением .dex, которые содержат весь исполняемый код приложения для виртуальной машины Android.