Какое максимальное количество стеков данных может быть в структуре вашего приложения?

В C# нет жесткого ограничения на количество стеков данных (Stack) в структуре приложения. Вы можете создавать столько экземпляров стека, сколько позволяет память и архитектура приложения. Например, можно иметь несколько объектов типа Stack<T>, каждый из которых управляет своим набором данных.

Stack<int> stack1 = new Stack<int>();
Stack<string> stack2 = new Stack<string>();
// и так далее

Ограничения будут связаны только с ресурсами системы и логикой приложения, а не с самим языком или платформой.