Можем ли мы изменить только одно значение в tuple, который является значением в словаре?

Элемент самого tuple заменить нельзя, но значение словаря можно переназначить на новый tuple. Если внутри tuple есть изменяемый объект, его содержимое можно менять отдельно.

Например:

data = {'point': (1, 2, 3)}
t = data['point']
data['point'] = t[:1] + (9,) + t[2:]
# Теперь значение словаря — (1, 9, 3), а t осталось (1, 2, 3).

Операция создаёт новый кортеж и не меняет другие ссылки на прежний. Присваивание t[1] = 9 завершится TypeError.