Помимо методов и типов ключей, что ещё есть у Map, чего нет у объекта?

У Map есть готовый размер, стандартная итерация записей и порядок вставки. У объекта иной контракт перечисления и возможна цепочка прототипов.

map.size не требует создавать массив ключей, а сам Map можно использовать в for...of. Перезапись существующего ключа не перемещает его в конец; удаление и повторное добавление перемещает. Объект тоже имеет определённый порядок собственных ключей, но числовые строковые ключи упорядочиваются отдельно. Не следует говорить, что у объектов порядка вообще нет.