При установке сертификата Минцифры пользователь устанавливает его в браузер или в операционную систему?

Это зависит от ОС и браузера: сертификат доверенного центра может устанавливаться в системное или отдельное браузерное хранилище. Размещение файла на диске само по себе доверие не включает.

Приложения используют разные наборы доверенных корней и могут по-разному учитывать локальные настройки. Поэтому сначала выясняют, какой клиент устанавливает TLS-соединение и откуда он берёт доверие. Корневой сертификат не следует путать с личным сертификатом пользователя или сертификатом сайта. Установка корня расширяет круг доверенных издателей, поэтому источник и отпечаток проверяют по официальной процедуре. Не отключайте проверку TLS ради устранения предупреждения.

Источник: www.chromium.org.