В каких форматах происходит передача и хранение данных при взаимодействии с NoSQL базами данных?

Единого формата NoSQL нет: он зависит от модели БД и протокола. Документные системы, key-value, wide-column и графовые базы представляют данные по-разному.

Например, MongoDB использует BSON для документов, Redis — команды своего протокола и типизированные структуры, а JSON часто применяется на уровне HTTP API. Формат обмена не обязательно совпадает с внутренним хранением на диске. Уточняйте конкретную БД, драйвер, типы, кодировку и версионирование схемы; «NoSQL хранит всё в JSON» — неверное обобщение.