В каком месте в Spring Boot расположены настройки, управляемые автоматически?

В Spring Boot настройки, управляемые автоматически, расположены в модуле автоконфигурации, который обычно находится в пакетах с аннотацией @EnableAutoConfiguration.

Автоконфигурация реализована в классах с аннотацией @Configuration, которые автоматически подключаются при старте приложения, если в classpath присутствуют определённые библиотеки и отсутствуют пользовательские бины, переопределяющие поведение.

Эти настройки можно найти в исходниках Spring Boot в пакете org.springframework.boot.autoconfigure.

Пример: если в classpath есть spring-boot-starter-web, автоматически подключится конфигурация для веб-сервера и MVC.