Что происходит в браузере, когда пользователь кликает по кнопке?

Браузер определяет цель события, проводит его через фазы распространения, вызывает обработчики и выполняет допустимое действие по умолчанию.

Для click обычно есть capturing и bubbling. preventDefault отменяет отменяемое действие по умолчанию, а stopPropagation влияет на распространение, но не заменяет его. После завершения кода и микрозадач браузер может обновить отображение; обработчик сам по себе не гарантирует перерисовку.