Что такое staging area (индекс) в Git?

Index — промежуточный снимок содержимого для следующего коммита; git add переносит туда выбранные изменения.

Рабочее дерево может уже отличаться от index, поэтому последующие правки не попадут в коммит без повторного добавления. Проверяйте staged-версию через git diff --cached. Можно добавлять отдельные фрагменты, а не весь файл.