Если третьему flex-элементу нужно выравнивание как align-items: center, но остальные должны остаться без изменений, что сделать?

Задайте третьему элементу align-self: center: это переопределит выравнивание только для него по поперечной оси.

Например, .item:nth-child(3) { align-self: center; }. Остальные элементы сохранят align-items контейнера. Направление поперечной оси зависит от flex-direction; для расположения вдоль основной оси это свойство не подходит.