Какие негативные факторы добавляют индексы и почему?

Индексы занимают место и увеличивают стоимость записи, потому что при изменении данных нужно поддерживать дополнительные структуры. Лишние индексы также расходуют кеш и ресурсы обслуживания.

INSERT добавляет записи, DELETE и UPDATE требуют соответствующей работы в зависимости от СУБД и изменённых полей. Создание индекса на большой таблице само может быть дорогим. Индекс не всегда полезен для чтения: при низкой селективности полный проход бывает выгоднее. Решение принимают по реальным запросам, планам и нагрузке, а не индексируют каждый столбец заранее.