Можно ли хранить контрагентов в регистре сведений?

Технически сведения о контрагентах можно хранить в регистре, но для самих сущностей с устойчивыми ссылками обычно используют справочник.

Регистр сведений уместен для дополнительных данных, соответствий и истории значений, особенно с измерениями и периодичностью. Справочник предоставляет объектную модель, ссылку и стандартную работу с элементами. Если заменить его регистром, придётся самостоятельно решать идентификацию, ссылки и связанные сценарии; выбор должен исходить из модели данных.