Расшифруйте показатели CPU в top: us, sy, ni, id, wa.

us — пользовательский код, sy — ядро, ni — пользовательские процессы с изменённым nice, id — простой, wa — учёт ожидания I/O.

Значения показывают распределение времени CPU, а не процент заполнения диска или памяти. Высокое wa — повод исследовать I/O, но само по себе не устанавливает причину задержки.