С помощью какого средства можно выполнить произвольную задачу или конфигурацию на наборе отдельно стоящих хостов (вне Kubernetes)?

Для управления набором отдельных хостов подходит Ansible: inventory описывает узлы, а playbook — требуемые действия и конфигурацию.

На Unix-хостах обычно используется SSH, поэтому устанавливать постоянный агент не требуется. Для повторяемой настройки выбирайте специализированные модули и идемпотентные роли, а не только произвольные shell-команды. Доступы, секреты, порядок применения и проверки результата остаются частью решения.